在进入南京后，朱慈烺领导下的大明朝廷又在酝酿新一轮的改革了。这次改革的目的是改善大明朝廷的行政效率，加强了六部尚书和阁臣的权力。朱慈烺准备正式取消六科给事中，将六部变成了尚书负责制。
通过这次改革，六部的职责也将会更加明确。
吏部主管文官人事，不仅管升降、考核、任免。凡是和文官人事有关，都是吏部的事儿。凡是在朝廷各部院任职的文吏的人事，也统归吏部管辖。
当然了，吏部管人事并不等于全权掌握人事任免权限，而是主要根据朱慈烺的令旨或是各级主官的行文办事儿。
礼部则会变成了专门主管教育和教化的部门，各级官学和科举取士礼部都管得着。另外，僧录司、道录司也被归入了礼部，顺带着基督教、天方教等少数派宗教的事务也都由礼部管辖。
除了这些，朱慈烺还下令礼部筹建“同文馆”和“书文馆”，前者是翻译机构，主管培养通事，翻译各国书籍典章。
而后者是个管出版的衙门明末的书籍出版管理太过松弛，几乎没有谁在管，彻底的言论自由！
倒不是朱慈烺反对言论自由，而是目前正处战时。战时哪儿能有那么多的自由？该严管的，必须得严格管制！该拉拢的，当然也得拉拢。
兵部现在还是个清闲衙门，许多职权都被大元帅府侵占。不过朱慈烺也在酝酿一场大改，准备将兵部变成一个主管军政的衙门，将大元帅府的军政司划入兵部。
户部的改革正在酝酿当中。改革将主要涉及三方面，一是户部仓库的管理最重要的库银（包括制钱）管理，将会改由盐商银行、海商银行负责！户部只管账目和收支，不直接管理现金。
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