与此同时，攻入太原府和大同府的三路清军主力，也都遇上了不小的麻烦。
在太原府方向上，因为吴三桂和阿济格都存了保存实力的心思，所以没有猛追李自成。让李自成得以全军撤回太原。
从北路南下的多铎所部，则在太原府城以北的石岭关受阻，被陈永福挡了两日，因此失去了包抄切断李自成后路的机会。
这两天的耽搁，使得清军方面短暂失去了对李自成主力动向的掌握。所以当多铎和阿济格、吴三桂在太原城下会师的时候，他们并不知道李自成有没有缩进太原府城？
另一方面，李自成利用这两天时间，加强了太原的防务。留下了山西巡按李若星，山西节度使韩文铨两部汇合制将军陈永福部，总共在太原留下了两万五千大军，其中有3000人是久经战阵的老营兵。
因为李自成在太原留足了守军，所以陈永福不仅驻守太原孤城，而且还在东山之上和汾河西岸修建的营寨。让李若星、韩文铨率部屯驻，以成犄角之势。
这样一来，就给试图围城的吴三桂制造了不小的麻烦。而阿济格和多铎因为担心李自成还在太原，所以就不敢马上带兵离开，而是率部看守太原城。同时让吴三桂去攻占太原城附近的清源、交城、文水、徐沟、太谷、祁县、平遥等处。
多铎部在太原城下的耽误，又影响到了北面大同府的战事。本来应该南北夹击的作战，变成了豪格从宣府方向孤军深入。也没深入太远，就在大同、宣府交界处的镇虏卫被明军给刚刚分了田的明军给挡住了！
就在进攻山西的三路清军都暂时遭受挫折的时候，田见秀和李过的大军就气势汹汹的杀入了北直隶境内。
原本明朗的形势，就在几日之内变得非常迷离了！
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