等他得知郭正域轻率上疏救雒于仁，而被天子训斥时，林延潮也没办法替自己这位学生求情，就算是求情也未必有用，反而可能更糟。
而偏偏在这时林延潮作了一个决定，那就是上疏辞官！
在作决定前，林延潮亲自去了申府向申时行禀告这一件事。
申时行得知时有一些讶异，但也没有出乎意料之外，他问道：“宗海，可是因为陛下不许你入阁而萌生退意，若是如此，你大可不必介意，老夫在位一日也会保举你一日。”
林延潮道：“学生多谢恩师的栽培，但是学生想既然天子见疑，那么学生再在此位子上候下去，不仅不能令圣意有所转变，反而更惹圣上生嫌，与其如此学生倒不如退一步，趁着圣上没有对学生还有些君臣之情时，回乡以待时机。”
“就算没有这些话，学生现在身体确实是不好，署理部事已令学生十分疲惫，学生想回家修养一下身子，也见见老祖父，毕竟学生近七年没有回乡省亲，实在是没有尽到孝道。”
申时行斟酌了一会然后道：“你这话说的实在是在情在理，令老夫也没有挽留你的理由。既是如此，你就先称疾还乡，待病好了回京，话说回来，不到三十岁即位列部阁，本朝似也没有这个先例。”
林延潮当即躬身道：“学生多谢恩师。”
这时候的申时行正是春风得意，他用自己的计策，击败了张鲸，门生故吏充斥了朝堂上机要之地，甚至连天子被迫放更多的权力给他。
故而申时行并没有着意挽留林延潮。更不说当初因顺天乡试案发时，申时行还亲自上门请林延潮出山。
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