大理寺负责审理士绅官员们和海商勾结的案件，监察御史负责弹劾不法，刑部负责审理普通为寇，兵部在于理清大明武官有无失职，渎职乃至勾结倭寇的情况。礼部更是带着消减江南士绅们的功名目的而来，至于吏部，自然要拔萝卜，然后考虑在找哪些新的官员来填坑。
来到金陵的官员没有一个是江南出身的官员，正德皇帝在派下这支队伍之前，便先整合了其中的利益矛盾——大明的省域，以及南北之争。摆明了就是要清洗江南官场而来。
一时间，江南官场风声鹤唳，哀鸿遍野。江南的士绅阶级遭到了沉重打击，江南的卫所武官也一大批一大批地被革职拿问。
大明朝廷经过这次清洗，对江南的控制空前加强。一时间江南在大明朝廷的话语权空前低落，再也挡不住朝廷向江南派军备倭的打算了。
至少在这几年里，在大明江南的倭寇之患大为减轻，但要真正消灭倭寇之患，还要等大明的海上水师建好，也要等日本的形势发生改变。不从根本上解决，只在陆地上，是怎么也消灭不了倭寇之患的。
这个了尘懂，朱厚照懂，朝廷诸公自然也明白，一时间要不要建立大明的海上水师闹得不可开交。
原因就是钱，大明朝廷现在确实拿不出这么一大笔庞大的开支来，而且大明禁海百年，舟师也不是说建就能建的。从造船的工匠，到水师的人选，再到那需要花费的如山似海的银子。都成了海商们困兽犹斗，拼死反对开海的理由。
朱厚照意志坚决，朝臣们也分成两派，两方斗得不可开交。
但至少，朱厚照分化群臣，开海通商取得了一个阶段性的成果。
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