当时这个消息被皇太极知道后，立刻派多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵一万，第三次远征察哈尔，趁着大雾将额哲的营帐团团包围。
最后额哲抵抗不住，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。
皇太极得到传国玉玺后，被以额哲为首的漠南蒙古十九个封建主一同尊奉为博格达彻辰汗，也就是说，漠南蒙古人堕落到给自己找了一个满洲人当大汗。
皇太极成为蒙古大汗后，于第二年将国号从金改为大清，建立了大清帝国。
后来皇太极将察哈尔蒙古诸部分化，分设左右翼察哈尔八旗，封额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁给他。
三藩之乱的时候，察哈尔部的首领布尔尼举兵反清，遭到清军镇压，于是林丹汗的后裔被杀净。
漠南蒙古也就再没有与清军开战了。
纵观漠南蒙古被清朝征服的过程，完全就是蒙古人自己不争气造成的。
自从明朝将蒙古人赶出中原后，蒙古内部就四分五裂，如仇人一般相互攻击，结果给了清朝分化蒙古各部，孤立林丹汗的本部的机会。
最终清朝杀绝了正根的黄金家族，蒙古的正统汗权被满人攫取，蒙古人也就没有自己民族的大汗了。
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