天启皇帝朱由校随即批令各部“如议，著实遵守，如或仍前怠玩，视为虚者，听言官指名参劾。”
对丁绍轼的疏奏，首辅顾秉谦认为是挟皇帝令诸臣，颇为不悦。
这时期朝中有人倡议至浙江云雾山采伐大木，用作修葺宫殿，绍轼又上疏劝阻，停止采伐。
御史赵允昌弹劾绍轼，绍轼上疏求退。
熹宗认为绍轼心直口快，婉言挽留，绍轼再辞、三辞，帝仍不准。
这时又有御史吴裕中弹劾绍轼为大奸，恶语极致。
魏忠贤察言观色，见熹宗欣赏绍轼，以吴裕中报复绍轼之由，罢了吴裕中官职，廷杖一百。
绍轼闻知此事，立即上疏为吴求救，疏上，吴裕中已被杖死。
绍轼认为吴裕中死得冤屈，但碍于魏忠贤的淫威，深觉愧疚，而又有口难言。
礼部侍郎冯铨欲追论前朝三大疑案，一是“移宫案”，泰昌元年光宗死，熹宗朱由校当立。抚养他的李选侍与心腹魏忠贤，想利用熹宗年幼的机会，把持政权，据乾清宫。朝臣杨涟、左光斗等不让她与熹宗同居一宫，迫使其迁至哕鸾宫，然后引太子还乾清宫举行即位仪式。
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