颜常武以东南府初创，岂可学明朝内阁、清流（明朝的各部给事中有封驳权）进行掣肘，且东南府创立是新鲜事务，遇到事务可以来“摸着石头过河”，又或者是“交学费”，反正颜大少还年轻，耗得起。
下设人事部（吏部）、战争部（兵部）、财政部（户部）、文教部（礼部）、政法部（公检法）和建设部（工部）共六个部，主官称为部长，还有一些独立的部门，如第一要紧的参谋部，有出兵权；还有首席技术官，是荷人巴伦支出任。
由于官员严重匮乏，人事部是陈衷纪管着，战争部是颜常武自管，财政部是陈和彬、文教部则是徐柏森和张小石合作（两人都是海澄人，颜大少的同乡，秀才出身，做过简体字事务），政法部（公检法）则是张寅建设部还是陈衷纪兼管。
政法部的是张寅，乃闽省福州人，开台元老，乃初代颜思齐的兄弟，是最早支持颜常武的人之一，最初名声不显，去跑船为生，后被陈衷纪推荐从政，其性格刚毅，可坐政法部。
再设立部员，多是海军学院出身，或者军人退役充役。
实职亦有官品，如人事部长对应的是吏部尚书（明制二品官），为表示谦恭，不是造反，人事部长为从二品，对应明朝的官制，同等的几乎都降一级使用。
再有军队，职称早就确定，即军衔制，是最高执行的官制。
其为士兵4级，为一等兵、二等兵、三等兵和列兵，新兵入营，只是列兵，之后按照训练的表现和作战表现，逐步升迁，往上的是士官三级，为上士、中士和下士，之上的就是军官了，有尉官四级，为上尉、中尉、少尉和准尉，其中准尉又分为5级，校官为上校、中校和少校，再有尊贵的将官，是四星上将、三星中将和二星少将，最后是一星准将，最尊贵的是元帅，是最高军衔。
实职则有海军提督、副提督，参谋部正副参谋长、分遣舰队司令，舰长、高级军官等。
巡航舰舰长军衔为少校，副舰长为上尉，高级军官为上尉和中尉，军校生的军官专业出来考取少尉资格证书。
战列舰舰长军衔为上校。
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