可这么一个重要的机构，地位始终很尴尬，内阁形成时期长，而且始终没有取得法定的地位，始终不是中央一级正式的行政机构。
从永乐开始，历代皇帝都在不同程度上寄大政于内阁，皇帝“其不接见臣下而能统治天下者，以有阁臣票拟故耳”。
但是，他们谁也不敢担当违反祖制的罪名，谁也不愿从已经取得彻底胜利的皇权中，又拿出一部分给阁臣分享。所以内阁进展缓慢，而且始终未能成为中央一级正式的行政机构。
有其实而无其名是内阁的特点，因为这个问题，以致于内阁与六部经常互争雄长，矛盾重重。
历代及明初，六部均隶属于丞相，凡事必须秉承宰相的意志，自撤中书省、提高六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且在内阁之上。
皇帝想“以小制大”，内阁官员五品，而六部尚书至少从二品，自然不服气内阁的管制。
随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。
但是，内阁毕竟不同于中书省。
从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
这一斗起来，自然不会有好结果，狗咬狗，一嘴毛，内耗之事少不了。
如今给内阁正名，内阁位在六部之上，等于重建中书省。
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