幽燕总督，设齐州巡抚、晋州巡抚、直隶总督，由直隶总督兼管东海水师和齐州巡抚。直隶总督的人选便是现在的齐州总督秦道方。
另外两大水师，由辽东总督节制北海水师，由未来的江南总督节制南海水师，总督成为真正的封疆大吏。
再有就是，秦清决定在废除卫所制度的同时裁撤名存实亡的五军都督府，收权于兵部，兵部又听令于内阁，内阁集军政大权于一体，直接听命于皇帝，最终的决定权还是在皇帝手中。
总而言之，内阁统领六部、都察院、地方督抚，内阁成员由六部尚书或其他重臣充任，内阁拥有票拟之权，废黜宦官之后，皇帝直接掌握批红之权，拥有最终决定之权。
这是官职上的变化，除此之外，秦清也尽可能地精简勋官、散官、爵位。
大魏素来有职官、勋官、散官之分，职官就是真正掌握实权的官职，比如六部九卿、地方督抚等等，散官又称散阶，没有职权，只是个空名，享有对应品级的待遇。
勋官则是类似于爵位，又不完全相同。比如大名鼎鼎的“上柱国”便是正一品的勋官，比如某些重臣故去时，皇帝赠“上柱国”，便是封赏勋官。
秦清决定废除勋官和散阶制度，只保留爵位制度。爵位自皇帝以下，分为七等：亲王、郡王、公爵、侯爵、伯爵、子爵、男爵，不论内外，不得世袭罔替，依次递减，直至庶人。
同时秦清又保留了“三公”、“三孤”、“三师”、“三少”，也就是：太师、太傅、太保、少师、少傅、少保、太子太师、太子太傅、太子太保、太子少师、太子少傅、太子少保等十二个荣誉官职，并无实权，用以加封或追赠。
其中“三公”是为正一品，“三孤”是为从一品，“三师”是为正二品，“三少”是为从二品。
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