这个时侯，北方己经大乱，多个政权建立，他们各自为政，又互相攻击，其中以符氏建立的前秦最为强大，也是王元昱北伐的主要敌人。
二月己丑日，王元昱取道武关入关，又命杜弘自襄阳进至南乡郡；同时梁州刺史温乔亦经子午道北伐前秦。王元昱先派沈充进攻上洛，俘获前秦名将郭敬，再进击青泥城。盘旋在沿江的流民帅王濯不管是出于什么目的，进攻陈仓以作响应。
前秦皇帝面对王元昱大军北伐，派遣太子，丞相等人率兵五万驻屯峣柳以作抵抗。四月，王元昱在蓝田县与秦军大战，大败前秦太子；同时王元定又在白鹿原击败前秦丞相军队。王元昱在大败前秦军队后就继续向长安进发，进据灞上。前秦太子退屯城南，前秦朝廷又发精兵数万，相助太子，丞相，而长安外城只留六千老弱士兵留守。
自王元昱出兵，一路北进，沿县都来向王元昱归降，王元昱安抚他们并让居民恢复原来生活。当时居民又争相以牛酒劳军，夹道观看前来的军队，老人更流着泪说：“不图今日复睹官军。”北地百姓依旧盼望着能中原兵能打回来，面对这个形势，王元昱认为收复长安的时机己然成熟。
然而，后续的粮草却跟应不上，王元昱向朝廷求粮，朝廷却因王元昱无令私自出兵而不满，在虞亮与司马羡的暗中操作下，粮食始终无法运达，王元昱只得驻屯灞上，打算收割当地的麦子作军粮以继续对峙。
这便给了前秦反攻的时间，前秦的援军在此时进袭沈充，并在子午谷击败了他，沈充不得不退离上洛，前秦的另一路援军又在白鹿原与王元定大战，杀死士兵万余人，幸得有义士相救，王元定才保得一命，前秦更抢先一步收割麦子，而且坚壁清野，令王元昱陷入缺粮困境。在战事不利和缺粮之下，王元昱唯有在六月迁关中三千多户人南归。前秦太子冒进追击，未料中了王元昱埋伏，太子慌乱逃亡之际，竟坠马而死，王元昱得以脱困，前秦军没了主帅也只得退回，至此，第一次北伐结束。
历经半年，死伤数万将士，但也给前秦严重的打击，特别是前秦太子在此次北伐中身亡，虽然北伐没有成功，但王元昱的声望再一次提高，新朝各界人士也从此北伐中看到了收复北地的希望，对王元昱的支持越来越多，以至在王元昱归朝后，朝廷原本要制裁于他，而不得不表彰于他，但暗地里却也制造了不少内乱。
司马羡大力提拔虞亮来对付王元昱，王元昱一边应付朝廷的算计，一边组织第二次北伐。
新帝五年，江西流民郭敞叛乱，捕掳陈留太守，逃至许昌，投向前秦，令朝廷十分震惊，要知许昌临界长江天险，对建康形成危胁，朝廷不得不派王元昱为征讨大都督，督司、冀二州诸军事，讨伐叛军，王元昱趁机发动第二次北伐。
王元昱再次在江州起兵，先派沈充据鲁阳，杜弘驻屯黄河上，以水军进逼许昌和洛阳，更请徐、豫二州郡守派兵经淮泗入黄河协助北伐，豫州郡守犹豫，但在陆方的周旋下，终是答应王元昱的要求，陆方自蔡琨一事后，逃到豫州投靠在郡守麾下，由此可见，越来越多的义士前来相助北伐。
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