为了方便木叶的第一个五年计划顺利实施，宁次特意修改了木叶的组织架构。
除了之前就有的暗部，行政部，医疗部，教育部，审讯部，警备队之外，还新建了建设部，商业部，科技部，农业部四个部门。
建设部用于研究吸收先进的建设技术，结合本世界的忍术能力，更高效的去完成建造任务，木叶的重建实施和未来建筑建设就是交给了他们。
商业部，自然是开始去研究木叶乃至于火之国的商业发生，让木叶能更加富庶。
农业部，主要是管理种植业、畜牧业、水产业等相关产业，改进新的生产技术，未来面向整个火之国铺出去。
科技部，那就是要研发各种黑科技，比如新的忍具开发，新的忍术开发，仙术的研究等等，也要吸收其他世界的先进技术，发展木叶特色科研之路。
事实上，关于科技部部长，宁次心中的第一人选就是药师兜，以他的才能天赋完可以胜任，而以宁次现在的实力和地位，也足以去招募他进入主神空间了。
至于大蛇丸，宁次反复思量，还是让他和自来也，纲手去组CP，既然叫三忍，如果不一起行动，那岂不是很对不上这个称号。
而在人员安排上，除了日足和暮间之外，奈良鹿久也进入了火影顾问的团队，由迈特凯担任上忍班班长，辉夜君麻吕被安排进入了暗部，漩涡香磷被安排担任新的医疗部部长。
建设部和商业部的部长，都是日向一族的族人，他们的共同点在于是经历过猎人世界冒险，了解猎人世界的知识，目前正在学习消化那边的相应知识。
审讯部部长交给了山中亥一，木叶警备队的队长则是给了秋道丁座，这也是对于猪鹿蝶投靠的应有奖励。
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