除了玩家发现了科学神教的与众不同，游戏之中，一些特殊的存在，也发现了这与众不同的存在。
能够发现这些问题的基本都是唯一性数据，这些数据无法被系统直接复制。也就无法被直接生成在副本中。只能依靠系统的权限影响他们的行动，配合副本的流程。
主宇宙中的四柱神，包括他们手下的时官，陪审员，死灵九魁之类的，也都是同样的存在。
这些存在影响着主宇宙的主线剧情，他们中的每一个都拥有boss级的实力，这不是现阶段的玩家可以一对一打败的。
他们的智能与自由度也比其他的NPC强很多，因此，在面对崛起的科学神教时，他们可以采取更多措施。
其中，真理法庭对科学神教的崛起，持有乐见其成的态度，至少从表面上看，这里法庭是维护着这宇宙秩序的存在，而科学往往也是秩序的。
许多混乱属性的怪物，都被科学神教消灭了，虽然不教而诛，并不是什么值得提倡的事情，但这也客观上为真理法庭省去了不少麻烦。
同样秩序一侧的时间之主，则对科学神教的出现不甚在意，双方并没有实质上的利益冲突，时间的力量过于超然还不是科学短时间内能够解释的。
相比之下，冥渊幽王对于科学神教的态度就糟糕许多了，在主宇宙的各个世界中，就属他的势力损失最为惨重。
掌握了灵能的凡人，就可以对鬼怪造成伤害，而这些鬼怪，基本都能算得上死灵王国的子民。自然也就是从属于冥渊幽王的小弟，被干掉了这么多的小弟怎能让他不愤怒？
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