首先是吏部尚书杨巍告归。
杨巍是申时行最重要的政治盟友，故而他一直被朝野批评徇内阁之意行事。在万历十五年的京察时，当时左都御史辛自修打算严格执行京察制度，筛落一批官员。
但申时行一看不妥，辛自修筛落名单里有不少都是自己的党羽，于是授意杨巍阻止此事。
经此一事后，杨巍的名声就臭了。
至于天子对杨巍也不喜欢，在当初立国本的事上，杨巍数度直言进谏，态度比申时行还坚决。
同时他屡次上谏请求天子重新视朝。这一次终于惹恼天子，天子下旨严斥杨巍沽名。
杨巍被天子下旨训斥后，也就立即上疏请辞。
一连数疏后，天子倒是真准奏了，让杨巍回家养老。而杨巍走后，新任吏部尚书就由不是申时行一系的原户部尚书宋纁担任。
杨巍辞官后，过了数月，左都御史吴时来也是病故。
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