言官们认为经略郑洛只知防守不知进攻，同时因申时行被劾在家，王一鄂去世，朝廷命在清流中名望极高的魏学曾为三边总督派至西北与郑洛搭档，当时在廷议上林延潮明确表示反对，认为郑洛一人足矣，派魏学曾去事权不一，更何况一人主和，一人主战必会起争执。
但是林延潮此论被兵部尚书石星反对，石星以陕西巡抚叶梦熊弹劾郑洛，以及众言官们弹劾郑洛为理由于廷议与林延潮争论。次辅许国支持了石星之见，启用魏学曾为三边总督。
数日后国子监祭酒出缺，右谕德萧良有由其老师刘虞夔，吏部尚书陆光祖与林延潮推举，而另一边则是詹事兼侍讲学士刘震元相争，许国石星意许刘震元，最后在九卿会推上，萧良有以微弱票数获胜，被天子钦点为国子监祭酒。
这边林延潮不能舒展，在另一边言官弹劾申时行已到了高潮。
首先是御史李用中弹劾申时行指示家人申柄以及其母舅居乡横行霸道之事。
申时行上疏自辩，同时请求辞职。
而福建按察副使李琯弹劾申时行十罪。
这十罪将申时行为首辅十年的‘罪名’一一列举，一帝寝漏水，二在外散布天子意图易储的谣言，图谋拥立之功，三请圣谕将言官罚俸一年，四将言官弹劾申时行的奏疏留中不下，五次子申用嘉冒籍，女婿李鸿顺天乡试舞弊得中，六家人宋九以贿赂任京营经历，还冒支双俸，七收受前三边总督郜光先的贿赂，使河洮二州沦陷于火落赤部，八收受李成梁贿赂以败报捷，九……十……
此疏一上，京城震动，若是之前言官弹劾都是一条两条，这十罪一上就是总攻了。更何况李琯还是申时行半个门生。
申时行闻此坚决辞相，天子下旨将李琯革职外，继续挽留申时行。
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