由于宗喀巴及其追随者戴黄色僧帽，故又俗称黄教。
黄教创建后，相继又建立起哲蚌寺、色拉寺、扎什伦布寺、塔尔寺、拉卜楞寺，它们与甘丹寺一起并称为格鲁派的六大寺院。
此外，黄教还创建了班禅两个最大的活佛转世系统。
宁玛派，红教，形成于公元11世纪，是藏传佛教中最早产生的一个教派。
由于该教派吸收和保留了大量本教色彩，重视寻找和挖掘古代朗达玛灭佛时佛教徒藏匿的经典，并认为自己弘扬的佛教，是公元8世纪吐蕃时代传下来的，因而古旧，所以称宁玛。
宁玛，藏语意为古、旧的意思。
加上该教派僧人只戴红色僧帽，因而又称红教。
红教以密宗修习为主，其思想受汉语系佛教影响，与内地掸宗“明心见性”说法相似。
林丹汗笃信藏传佛教，一生热衷于佛教事业，不仅推动了藏传佛教在左翼三万户地区的传播，而且为蒙古文化作出了一定的贡献。
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