在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。
东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。
他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。
可是从1596年（万历二十四年）起，神宗派宦官到各地采矿和征税。神宗一开始派出矿监、税使，东林党人就表示反对。
山西巡抚魏允贞在1597年（万历二十五年）上疏指出：宦官出领矿、税，为民祸害。魏允贞因此受到神宗的切责。
1599年（万历二十七年），大学士叶向高上疏要求罢撤矿监、税使。同年，吏部侍郎冯琦上奏说：这些矿监、税使不但使贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起大乱。
李三才反对矿监、税使的言行，在当时影响最大。他于1599年（万历二十七年）就任凤阳巡抚。在凤阳巡抚管辖的地区内，有好几个矿监、税使，残害百姓。李三才在1600年（万历二十八年）五月上疏万历帝，揭露万历帝派遣税使、矿监这一弊政的要害。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经严惩太监陈增的爪牙，罪大的则加以捕杀，打击了陈增的气焰。他还奏劾陈增的重要帮凶程守训贪赃数十万银两等罪，使程及其同伙被捕解京，终于伏法，远近大快。
李三才“以折税监得民心”。两淮地区发生灾荒时，他经报请朝廷获准，对灾民加以赈济，还免除了应纳的“马价”（一种苛税的名目），因此李三才的言行赢得了民心和朝野正直人士的赞扬，声望日隆，有可能被推举进入内阁。
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