天启七年(1627年)，孙祖寿奉命率兵增援宁锦经略使。巡抚高第中途传箭令其回防。孙祖寿折断令箭，仍执行原来的命令，虽然解围有功受到褒奖，却因违反了高第的命令被免官归田。崇祯二年(1629年)因清兵迫近京师，朝廷诏命各镇入援勤王，孙祖寿变卖家产，招募千名勇士，被予招练总兵一职，负责安置流亡百姓，保护天寿山林木，防止樵采事宜。
他曾写了军事上的3条建议和保卫京师的6项措施，但均未被朝廷采纳。
清军兵临北京城下，孙祖寿与大同总兵满桂率领的勤王之师共同防守凉水河一线，孙祖寿提出了自己的御敌方略，满桂不能虚心采纳良策，孙祖寿只好与满桂各自守住大阵的一角。
激战中，满桂军不支，孙祖寿杀出重围去解救满桂军，不幸被流矢射入前额，壮烈殉国。
孙祖寿死后，朝廷为之震惊、哀悼，赐其“廉威忠勇”四个字，诏命府、州为其立祠，追赠少保、左都督，后又改赠太师，谥忠节，葬于昌平州龙虎台。荫其子孙繁祉为锦衣卫指挥同知。在昌平州城西大街建立一座孙少保牌坊，让过往行人及后世子孙永远缅怀这位毁家纾难英勇抗击清兵的昌平英雄。
袁崇焕什么都还不是的时候，孙祖寿就已经是大将了，不知道比袁崇焕高多少级，就凭这一点，韦宝觉得老金的《碧血剑》为了美化老袁，错漏百出。
通过观察，韦宝觉得袁崇焕与孙承宗的关系，也好像不怎么样。
孙承宗将袁崇焕当心腹，当子侄看待，袁崇焕却似乎只流于表面，态度敷衍，假的很。
孙承宗对袁崇焕是知遇之恩。
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