1584年，出身建州左卫世家的努尔哈赤兴起，牛录额真成为了建州治下的正式官名，且统辖规模扩大至300人。随着建州势力的进一步扩大，牛录的数目也不断增多。
1601年（万历二十九年），努尔哈赤于每个牛录设牛录额真1员，5牛录为1甲喇，设甲喇额真1员；5甲喇为1固山，设固山额真1员，创建黄、红、蓝、白四固山（四旗），是为后来八旗制度的主要基础。
1615年（万历四十三年），建州已经吞并除叶赫之外的所有女真部落，而且蒙古、汉人也多有归附。麾下牛录已有百倍于起兵之初的规模。
因此，努尔哈赤于该年又增设四旗，将原来的旗帜周围镶上其它颜色。黄、白、蓝旗镶红边，称作镶黄、镶白、镶蓝旗；红旗则镶白边，称作镶红旗。
它们与原本的纯色的正四旗合称“八旗”，此后旗色再未有变化。
当时各旗尚由大汗与各旗主贝勒分别掌控。
在八旗成立之初，旗的名目上并无民族属性之分。
在清太宗皇太极即位后的1629年（明朝崇祯二年，清天聪三年），才开始有蒙古二旗的记载。
从努尔哈赤建立后金天命元年到天聪八年，后金的兵制是典型兵民合一的八旗制度。
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