这个制度在明代早期颇见成效，到了明代末期，随着满洲的崛起，明仍然陷入了此前历代因边患而引发的财政危机。
此时，努尔哈赤率领的清军同样采取了军民一体且经过改良的军屯制度——八旗制。
八旗制度是一种兵民合一，全民皆兵的军事编制。凡满洲成员皆隶于满洲八旗之下。
旗的组织具有军事、行政和生产等多方面职能。八旗兵丁平时从事生产劳动，战时征召入伍且军械粮草自备。
除了原有的满洲八旗之外，建奴还在历次战争中不断收编辽东一代的被俘汉人，并且将其改编为汉八旗，同样奉行严格的军民一体制度。
明朝一方，由于边境人口不断减少且战事不绝，导致屯田几乎无法进行。
与此同时，明朝内地的屯田制度，也由于土地兼并和天灾等因素，陷入崩溃的边缘。最终明王朝由于屯田制度出现了严重的缺陷，在内忧外患之下彻底崩溃。
孙承宗听韦宝的话之后不由尴尬，事实虽然是这么个事实，但辽东的屯田是他大力提倡的。
东江也屯田，东江因为都在海岛屯田，倒不用担心建奴去抢粮食，可是岛上荒僻，能产多少粮食？金州城，旅顺，皮岛，各地都有屯田，但是毛文龙的几十万人，每年能靠屯田得来的粮食不过万石，根本是杯水车薪，所以，只要外界有干扰，或者内部屯田条件不适合，屯田都是笑话。
孙承宗被韦宝噎了一下，笑道：“可是你想过没有，有人总比没有人强，不管屯田多还是少，总归能帮着缓解军粮压力啊！若是人都被你弄光了，那往后辽东可只能依靠辽西和关内运粮食过去了。还有，这些军户是不必向朝廷缴纳任何税赋的，都是当地的驻军说了算，等于这帮人的家奴，人家不见得肯为了一时的利益而卖人。”
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