不过西厂仅仅成立5个月就被撤销，只相隔一个月宪宗又恢复西厂。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开。刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
锦衣卫的首领称为指挥使（或指挥同知、指挥佥事），一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，属于外臣。而东厂的首领是宦官，即内臣。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。所以东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系。
在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主要下跪叩头。
田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰和崔应元等人虽然没有料到两位东厂大太监，这么快就到了，意外之余，还是第一时间上前跪拜！
“参见李公公，参见石公公。”田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰和崔应元等一众锦衣卫大员，一起在李永贞和石元雅坐轿前行礼，神态恭敬，不敢有半点马虎。
“不必弄这些虚礼，都起身吧。”李永贞细声细气的回应了一声，然后问道：“这大半夜的，怎么出了这么大的事情？到底是怎么回事？你们都说说看。”
田尔耕紧张的满头大汗，支支吾吾的说不出个所以然来，好容易憋出一句：“歹徒暂且不明，我们正在抓紧追查！这帮顺天府衙役实在无用，这条街的几十名衙役此前全部失踪！他们一点线索都没有。”
先将锅子盖在顺天府的头上，再表示自己的锦衣卫正在努力！这是很常规的推卸责任手段。
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