在公元1642年写成《温疫论》，书中对温疫的传染病源、传染途径以及传染病的免疫性，都有独到的见解。
吴有性认为温疫的发生，既不是由于四时不正之气，也不是由于新感和伏邪。所谓四时不正之气、新感和伏邪的说法，原是晋代王叔和在发挥《黄帝内经》的理论上，认为“冬令严寒……寒毒藏于肌肤，至春变为温病”，“冬有非节之暖者，名曰冬温”。
王叔和的说法一直影响着温病的感染原因，以及温病有新感和伏邪的病理机制。到了吴有性的《温疫论》就不以为然，他认为乃从口鼻而入的感染了一种物质--戾气。并说：“夫物者、气之化也，气者、物之变也，气即是物，物即是气”。
还指出戾气是肉眼不能察见，感觉不能触知，耳不得闻，鼻不得嗅的一种传染病的病原体。
公元十八世纪以后，温病学说大大地发展起来，逐步形成了温病学派，被推为这一学派的代表人物，是清代著名临床医学家叶桂公元，字天士，原籍安徽歙县人，后迁苏州。
他少年时就继承了自己父亲的学术，又曾先后从师17位，虚心学习各家长处。由于他的毕生精力忙于临床工作，因此著述不多，《温证论治》和《临证指南医案》都是学生们辑录而成。
叶天士把外感温热病的病理现象以“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”来概括说明先是由呼吸道感染，严重时可以出现神志昏乱，在辨证时把温病的症状分成”卫、气、营、血”四个类型为纲领，说明疾病的深浅程度，作为缓急论治的依据。
同时也说明病势轻重和发展趋向，卫--表症，气--由表渐渐入里，营、血--里症。如病初起在卫分，较轻；病邪从卫到气、到营血，逐步深入，意味着病势越来越重。
叶天士并且总结了历代医学家的经验，丰富了辨证的内容，创造性地运用观察舌苔、验齿以及识别斑疹和白痞的方法，对临床实践起着一定的指导意义，在治疗上施用清热解毒、芳香开窍、养阴生律等方法。
与叶天士齐名的薛生白著有《温热病篇》，其学术观点，基本上与叶氏一致。薛生白，名雪，苏州人。
从此，研究温病学说的医家渐多，具有代表性的当推吴鞠通和王孟英两氏。
吴鞠通，名塘，江苏淮阴人。他继承发扬了叶天士的学说，并参考了《黄帝内经》、《难经》、《伤寒论》等书籍以及历代医学家的学术思想，结合自己的临床经验，在公元1798年写成《温病条辨》，把温病的证候分为上、中、下三焦论治，它标志着温病的病情进展和变化形式。
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