漆黑的无光的世界，如同戈壁荒漠般的破败城市，还有那广阔的麦田向观众展示，人类未来是如何被机器种出来，然后充当电子世界的能源的！
这是一幅末日景象，未来的人类凄惨无比，像种庄稼一样种出来，即便是读过了小说的许多观众都被眼前的这一幕震惊了！
接下来，尼奥跟随着墨菲斯开始进行一系列的模拟训练，让人明白了之前的崔妮蒂是如何做出来那许多匪夷所思的动作的，而且其中还带着虚拟空间的虚幻感。
影片发展到这里，对开头的另一个悬念做出了解答，墨菲斯的团队中有叛徒，还有另外一点，尼奥到底是不是救世主，这个问题则需要先知来回答。
而先知回答的结果却有一些出人预料，他的意思非常明确——尼奥不是！
影片继续，特工史密斯带来大量的警察包围了尼奥和墨菲斯等人所在的大楼，一场大战就此爆发。
墨菲斯为了救尼奥，被迫直面史密斯，却根本不是对手，不过在他的掩护下，其余人陆续冲出重围，中途溜掉的赛弗作为叛徒，早早地就回到了现实世界，崔妮蒂和尼奥等人被困在一座废弃酒店的房间里。
赛弗上演了经典的场景，那就是反派的话唠，而后果非常的严重，原本以为被干掉的坦克重新站起来干掉了赛弗，尼奥和崔妮蒂逃了回来，但墨菲斯却被特工抓走了。
墨菲斯掌握着人类最后的据点锡安主机的登陆密码，如果密码泄露，母体可能对锡安造成致命的威胁，因此坦克主张拔掉墨菲斯链接矩阵世界的插头，以他的死来保证锡安的安全。
而尼奥却执意要去救回墨菲斯，崔妮蒂则跟他同行，这个时候观众们都知道最后的大战要开始了。
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