他是积年老贼，当皇帝的当成了精，处理朝中事情深知不可急于求成，况且刚刚接手这个烂摊子，须得慢慢理顺一些事情才行。
当下一边维持朝堂秩序，每日早朝不断，一点都不耽误处理政务，另一边开始处理皇宫中的宫女、太监、御林军、护卫等等，一批批的杀死，一批批的活埋，短短三日，便活埋了两千多人，赐死五十多个嫔妃，整个宫中之人几乎被他干掉一半，腥风血雨，笼罩整个皇宫。
由于皇子朱棣被害，杨行舟直接重金悬赏盈散花，同时为朱棣举办丧事，取消寿辰，同时收拢朱棣身边的辅佐之人，文有姚广孝，武有朱能，还有几个人都是治世能臣，全都被杨行舟收拢到了身边，暂时在金陵任职，同时派遣另外一名皇子朱植前去顺天府，接替朱棣的位置，镇守顺天。
这朱植文韬武略，不下与朱棣，由他镇守顺天，之后调换军队将领，打散各个地方的势力，开始削藩，谁敢不服，直接圈禁。
只是一个月的时间，便被他将整个朝堂都进行了大换血，无论丞相胡惟庸如何反对，也不能阻止杨行舟意志的贯彻。
看看一切准备停当之后，杨行舟一道圣旨下去，当朝丞相胡惟庸全家老小连夜被抓，之后审讯半月，该杀则杀，当放则放，将胡惟庸判了一个斩立决，菜市口给了一个痛快，其余犯事的家人，一并处死。
因为他连坐之人几达三千多人，贬的贬，杀的杀，朝廷震荡，民间却是拍手称快，都说皇帝圣明，处死奸佞，终究为百姓出了口气，胡惟庸在民间名声极差，此人一死，反倒为朱元璋赢取了极大的声望。
胡惟庸死后，杨行舟邀请虚若无为当今丞相，手握阴阳，掌控乾坤，打理朝政。
就在他处理朝廷要事之时，同时派遣精兵良将，追杀庞斑一行人马，清理各地江湖帮派，怒蛟岛也在被清理之列，便是邪异门也在打击名单之中。
杨行舟不当皇帝的话，身为江湖人，自然不会与浪翻云、厉若海等人为难，但是一旦当上了皇帝，立场立马转变，官府与大帮派之间天然就有矛盾，自然不允许影响太大的势力存在。
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