二代火影千手扉间得知此事后对这里进行了一定改造，添加了一部分建筑设施，并把暗部的总部放在了这里。
到了三代火影猿飞日斩时，考虑到村子这么多年也没受到什么不可抵挡的入侵，再加上暗部的工作大部分时间集中在地表，猿飞日斩便迁出了暗部总部，把这个秘密基地留给团藏训练暗部新成员。
然后团藏又讲到了根部的历史。
利用训练暗部的名义，团藏创建了根部，并一点点吸纳暗部成员扩大根部的势力。
猿飞日斩察觉到自己被挖墙脚，曾为此警告过团藏。但他考虑到团藏的根部也是在为木叶出力，况且还有这么多年的交情，所以也只是敲打了团藏一番，并未勒令根部解散。
团藏理解了猿飞日斩的意思，吸纳暗部成员的动作慢了下来，好似真的打算一心一意的为猿飞日斩培训暗部了。
但实际上，他团藏的野心没有一刻熄灭，暗部不让动了，他就把目光瞄准了村子里那些有潜力的忍者身上。
能够用权势迫使其屈服的就强制吸收，有把柄在身上的就恐吓威胁，有野心的就诱以重利。
团藏各种手段齐出，根部的势力也越发壮大起来，为了不被猿飞日斩打压，团藏主动替其干起了脏活累活，猿飞日斩见此也就默认了根部的存在。
猿飞日斩身为火影，不得不考虑自身的名声，爱惜羽毛也是难免的，所以与团藏进行利益交换就变得很有必要了，毕竟政治就是一种妥协。
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